西藏从公元9世纪中叶开始的分裂割据时代，整整持续了400年，直至公元13世纪中期，以藏传佛教萨迦派为首的西藏各教派领袖归顺元朝，西藏从此由分裂走向统一，正式纳入中国版图。　　

　　萨迦王朝的首府在后藏萨迦地方，帕木竹巴王朝的首府是山南乃东；藏巴第悉政权时期，首府是日喀则。虽然八百年间拉萨并未处于西藏权力的中心，但是它一直是西藏最古老最神圣的城市。　　

　　藏传佛教经过百余年的沉寂之后，在公元10世纪前后相继复兴。戒律从阿里古格和青海丹底先后传入卫藏，佛法之火又在拉萨及其周围重新燃烧，史称藏传佛教后弘期。此后很长一段时间，蔡巴万户成为拉萨的主宰。几代蔡巴万户长都被元朝皇室封为司徒，授予管理拉萨和拉萨河流域的权利。他们对拉萨城进行了长期有效的管理，组织力量修筑和加固河堤，疏通市区水道，营造民房，整修八廓街，多次修葺大昭寺、小昭寺，保护布达拉宫废墟上遗存的古建筑，管理各个寺院和佛事活动场所，组织讲经布道活动，建立密宗院，编纂历史和宗教著作。后人怀念他们的功绩，将万户长拉杰果瓦奔的塑像供奉在大昭寺神殿诸佛之中。　　

　　当时拉萨宗教活动仍然十分盛行，修建了许多寺庙，桑浦寺、觉莫隆寺、噶东寺、楚布寺、直贡寺、达隆寺、珠寺等等，都建立在拉萨周围，拉萨依然是人们向往的圣地。