1642年，应黄教寺院集团的要求，驻牧中国新疆、青海一带的和硕特蒙古首领固始汗领兵入藏，消灭藏巴第悉政权，将西藏十三万户奉与五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措。五世达赖在固始汗的支持下建立了甘丹颇章政权，拉萨再度成为西藏政治、文化、宗教的中心。　　

　　公元1652年，五世达赖到北京朝见清朝顺治皇帝，受到中央王朝隆重而优厚的接待，颁赐金册金印，正式册封他为"西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛"。自此，达赖的称号和其在西藏的政教地位正式被确定下来，也进一步密切了中央政府和西藏地方政府的关系。　　

　　五世达赖时期的拉萨城市建设，首推重修布达拉宫，数百年间布达拉宫经过雷击、火灾、兵燹、风雨侵蚀，宫堡中除观音殿、法王洞外，实际上已成一片废墟。公元1645年，五世达赖喇嘛下令重建此宫，作为甘丹颇章政权发号施令之地。第司（执政官）·索朗绕登总揽其成，数千民工、匠师从西藏各地征调到拉萨日夜劳作。1647年主体工程告旋，开始内部装修和壁画绘制以及神佛塑造。1653年五世达赖从北京归来，举行了盛大的开光庆典。达赖本人也从哲蚌寺迁至此地居住和施政，被称为布达拉白宫。　　

　　公元1682年，五世达赖圆寂，执政官第司·桑结嘉措匿丧不报。1690年他开始主持建造五世达赖灵塔殿和祀殿，这就是著名的布达拉红宫。红宫比白宫规模更大，工程更繁浩，每天出动民夫、工匠达7700余人。康熙皇帝专门派汉、蒙工匠支援建设，不少尼泊尔匠师也献出了精湛的技艺。大型木材都是从数百公里以外的工布地区运来，巨大的石材在拉萨周围山上开采，用牛皮船运过急流险滩，然后经千百人的肩膀抬到红山之上。红宫历时四年建成，1693年藏历4月20吉日，举行了隆重的落成典礼，桑结嘉措在宫前立无字碑一座，作为纪念。